Văn phòng Cục được thành lập theo Quyết định số 16/2008/QĐ-BYT ngày 22/4/2008 của Bộ trưởng Bộ Y tế về quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Quản lý Khám, chữa bệnh, Bộ Y tế. Văn phòng có chức năng thực hiện các công tác Hành chính quản trị, Tổ chức cán bộ, Tài chính kế toán, Công nghệ Thông tin và công tác Pháp chế; giúp Cục trưởng tổng hợp, đôn đốc hoạt động của các phòng, các chương trình, dự án theo kế hoạch đã được phê duyệt.

Nhiệm vụ
-Xây dựng và đôn đốc thực hiện kế hoạch của Cục, phục vụ công tác điều hành của Cục trưởng.
– Thực hiện việc lễ tân khánh tiết trong các cuộc họp, hội nghị, hội thảo, tập huấn do lãnh đạo Cục chủ trì có liên quan đến nhiều đơn vị.
– Xử lý các thông tin trên phương tiện thông tin đại chúng trong lĩnh vực khám chữa bệnh.
– Giúp Cục trưởng quản lý Tạp chí Bệnh viện, trang thông tin điện tử của Cục
– Theo dõi, đôn đốc cán bộ, công chức trong Cục chấp hành đúng các quy định của Luật lao động, Luật Cán bộ, Công chức và các nội quy, quy chế của cơ quan.
– Tổng hợp, nghiên cứu, phổ biến các văn bản, đường lối, chủ trương chính sách của Đảng và Pháp luật của Nhà nước liên quan đến lĩnh vực khám, chữa bệnh.
– Thực hiện công tác hành chính, văn thư, lưu trữ thông tin liên lạc đảm bảo theo đúng các quy định hiện hành.
– Thực hiện công tác Pháp chế, tuyên truyền, giáo dục pháp luật về khám, chữa bệnh.
– Thường trực công tác thi đua khen thưởng, kỷ luật của Cục.
– Giúp Cục trưởng thực hiện công tác tổ chức cán bộ của Cục. 
– Xây dựng kế hoạch tài chính trình Cục trưởng phê duyệt. Quản lý và quyết toán toàn bộ các nguồn kinh phí của Cục theo chế độ tài chính hiện hành, thực hiện việc cấp phát kinh phí sau khi đã được phê duyệt. Tổ chức thực hiện công tác tài chính.
– Thực hiện việc mua sắm, sửa chữa trang thiết bị, phương tiện đi lại; cung ứng văn phòng phẩm, đảm bảo điều kiện làm việc của cán bộ, công chức trong cơ quan Cục theo quy định của Nhà nước.
– Quản lý tài sản của Cục theo quy định hiện hành – Xây dựng nội quy làm việc của Cục, thực hiện công tác phòng cháy, bảo vệ cơ quan và vệ sinh môi trường.
– Thường trực công tác phòng chống thảm họa, thiên tai và kết hợp Quân Dân y.
– Tổng hợp, thống kê số liệu hoạt động khám, chữa bệnh, xây dựng cơ sở dữ liệu khám, chữa bệnh.

Nhân sự

Hiện nay, Văn phòng có 9 biên chế: 1 Phó Cục trưởng phụ trách Văn phòng, 1 Phó Chánh Văn phòng và 6 chuyên viên.
Được sự quan tâm của Đảng ủy và ban lãnh đạo Cục, trong những năm qua, tập thể Văn phòng luôn nỗ lực phấn đấu, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao. Chi bộ Văn phòng luôn đạt danh hiệu Chi bộ trong sạch vững mạnh; Văn phòng luôn đạt danh hiệu Tập thể lao động suất sắc từ năm 2008 đến nay. Năm 2012, Văn phòng được Bộ trưởng Bộ Y tế tặng Bằng khen đã có thành tích xuất sắc thực hiện nhiệm vụ, kế hoạch y tế năm 2012.